Ohledně imigrantů:
Drahoš podepsal v roce 2015 Výzvu vědců v které se mimo jiné píše:
"Všem, kdo v Evropě hledají útočiště, by mělo být zajištěno bezpečí a důstojné zacházení. Ti skutečně potřební musí být přijímáni a integrováni na základě individuálního a spravedlivého výběrového procesu, aniž by je předem diskvalifikovala jejich etnická či náboženská identita."

Na Výzvu vědců reagovali např. Cyril Höschl a Karel Oliva tímto článkem: http://www.hoschl.cz/files/5319_cz_Patek%20LN040915.pdf kde mimo jiné píšou:
"Ale hlavní problém výzvy tkví podle našeho názoru v tom, že v ní není ani zmíněn zásadní problém vztahu české populace k současné imigrační krizi: není jím ani tak islámský terorismus (než se prokáže opak, předpokládáme, že průměrný občan ČR se nedomnívá, že každý vyznavač islámu je terorista) jako spíš to, co plyne z postojů muslimských imigrantů k integraci do evropské společnosti: že se v naprosté většině integrovat nehodlají. Jedním příkladem za velmi mnohé budiž vyjádření šéfa Muslimské unie ČR pana Abbáse, který v televizi veřejně požadoval, aby trvale usazení muslimové byli vyňati z právního řádu naší země a aby pro ně platila šaría. Z toho, co můžeme objektivně pozorovat např. v Británii, Francii či Belgii, navíc lze dovodit, že to je jen první krok na cestě k požadavku, abychom se i my řídili stejným kodexem."

O těchto nesouhlasných názorech na Výzvu Drahoš v záři 2015 řekl:
"Vědecká obec není a už ze své definice ani nemůže být, jednotná. Ale ti, kteří se proti petici vymezují, jsou podle mě lidé, kteří se rádi vymezují vůči čemukoli. Nepřikládám tomu žádnou váhu.“

V červnu 2017 prohlásil:
"Přijmout tady nějakých 2 600 z bezpečnostního hlediska prověřených uprchlíků nebo migrantů by neměl být žádný problém. Samozřejmě po zkušenosti z minula si kladu otázku, kolik by jich tady vlastně zůstalo.“
"Otázka je, jak budou po jedněch migračních kvótách následovat další. Určitě v desetimilionovém množství nemůže být problém mít tady, myslím, že podle těch kvót, ke kterým jsme se zavázali, že to je asi dva tisíce, dva a půl tisíce migrantů, ale to ten problém neřeší"
- takže s kvótami zásadní problém neměl

V červenci 2017 už ale řikal:
"Já se musím přiznat, že v současné době nevidím v Evropě příliš úspěšný model integrace muslimů. Teď nechci rozebírat, proč tomu tak je, ale vidíme situaci ve Francii, situaci ve Velké Británii, v Belgii i leckde jinde. Já vlastně nevím, proč se ten model nepovedl. Jestli je to dáno opravdu malou kompatibilitou mládeže ..."
- tímto potvrzoval slova Höschla a Olivy, o kterých ale řekl, že se jen rádi vymezují a nepřikládá tomu žádnou váhu

Aktuálně (15. leden 2018) Drahoš tvrdí:
"Musíme současně řešit následky i příčiny. Evropa by měla lépe hájit vnější hranici a kontrolovat ty, kteří k nám přicházejí. Abychom omezili riziko útoků teroristů, musíme posílit všechny složky ochrany, včetně tajných služeb. Díky ekonomické síle Evropy pak lze řešit problémy v místech jejich vzniku. Každá nová studna nebo závlahový systém pro pěstování potravin v subsaharské Africe snižují motivaci místních obyvatel k migraci. Tam by měla Evropa směrovat své úsilí, nikoliv do vnucených kvót."
- neodmítá kvóty a nic neříká o automatickém přerozdělování uprchlíků v rámci směrnice Dublin IV
- žádá posílení silových složek státu

Možná se vám zdá jeho aktuální názor rozumný, tak si uvědomte následující věc:
- za posledních 60 let populace Afriky narostla 4x!!!
- podle odhadů dojde k nárůstu populace Afriky z 1 miliardy v roce 2013 na 4,2 miliardy v roce 2100