1. Problém je, že väčšina mutácií buď je nezlučiteľný so životom jedinca alebo znevýhodňujú daného jedinca. Pričom príklad ktorý spomínaš, má aj iné vysvetlenie ako mutáciu a to je dormancia v bakteriálnom filme tzv. biofilme. Ide o to, že baktérie tvoria na tuhých zmáčaných povrchoch peptido-glikozidné filmy, ktoré sú domovom kolónie a niektoré baktérie prechádzajú do štádia dormancie t.j. sú síce živé ale nevyvíjajú metabolickú aktivitu. A ak väčšina kolónie vyhynie tak nielen sa aktivizujú ale aj majú adekvátnu odpoveď na ohrozenie. Pričom bolo vedecky dokázané, že baktérie toho istého druhu medzi sebou komunikujú a vymieňajú si informácie o ohrození a ako sa s tým vysporiadať.

2. Biologické preferencie hlavne u ľudí (vrátane opíc a ľudoopov) sú len základom a hraje v ňom aj kultúrna zložka významnú úlohu napr. šimpanzy kde síce vodca tlupy rozhoduje o všeličom a má výsadné právo páriť sa so všetkými samicami ALE na svoje miesto sa dostal nielen brutálnou silou ale aj "politkárčením" alebo šimpanza bonobo, kde nohavicu nosia samice a mohol by som spomínať aj paviánov, ktoré majú svoju hierarchiu ktorá sa určuje nielen fyzickou silou ale aj kto, kedy, komu urobil/a láskavosť.

Pričom darwinizmus je veľmi obmedzená teória, lebo neberie v úvahu jednu dôležitú vec a to je ekologická nika. Pretože každý druh plní špecifickú úlohu v biosfére planéty a ak zanikne nika t.j. druh stratí svoju funkciu, tak ten druh vyhynie, to má logiku. Ale čo sa stane keď vznikne nová ekologická nika na ktorú, žiaden z prítomných druhov svojim vybavením ani zďaleka nie je uspôsobená?
Tak nika zostane kým sa neobjaví druh, ktorý na to je uspôsobený a to buď sa zavlečie alebo niekto vytvorí, lebo evolúcia t.j. mutácia a prirodzený výber to nedodajú, práve kvôli limitujúcim faktorom molekulárnej genetiky.

Nehovoriac o tom, že darwinizmus neodpovedal na otázku prečo vznikli ľudia t.j. akú ekologickú niku by mala zaplňovať? :)